处理基因组数据，很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观，如果绘图的话，把n多G把数据用画图出来不仅费劲，就算操作也不方便。因此我们可以用UCSC开发出的genome browser，可以直接把数据信息写成track，连上genome browser 上查看，它还支持安装到本地服务器上（genome browser in box ，简称GBIB)，genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, bigMaf, bigChain, bigPsl, bigWig, BAM, CRAM, VCF, MAF, BED detail, Personal Genome SNP, broadPeak, narrowPeak, and microarray (BED15)，GFF和GTF文件必须tab分隔。 废话少说，直接入门。本文主要讲SAM,BAM,WIG,bigWig,VCF,BED文件上传及使用。
一、格式的前期处理
1.1 WIG 和 bigWig
WIG 文件格式，有两种可选的格式，variableStep和fixedStep。variableStep用于区间变化的，fixedStep用于区间固定的。
variableStep WIG文件以variableStep 开头，chrom染色体，可选参数span（默认span=1),指定每一行的位置区间，比如2，区间就是chromStart～chromStart+2。chromStart染色体位置，dataValue染色体位置上的值。
1 variableStep chrom=chrN2 [span=windowSize]3 chromStartA dataValueA4 chromStartB dataValueB5 ... etc ... ... etc ...
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